Lugemisraami

Kasutatud lausetes (Bioloogia)

Loetelu mõnedest modifitseerimise funktsioonidest: Antikoodoni struktuuri ja koodon-antikoodon interaktsiooni stabiliseerimine ning lugemisraami nihke vältimine, tRNA üldise struktuuri stabiliseerimine, D-lingu painduvuse suurendamine: dihüdrouridiin, tRNA ebaõige voltumise vältimine, Kaitse endonukleaaside eest, Fotoprotektsioon, Identsuselemendid aaRS-dele, Antideterminandid aaRS-dele või teistele valkudele, Aluspaardumise spetsiifika laiendamine wobble-positsioonis N34, Termostabiilsuse tõstmine.
Koodipäikese omadused: 1. sünosüümsus-ühele aminohappele võib vastata mitu koodonit 2. ühetähenduslikkus-ühele koodonile vastab 1 aminohape 3. mittekattuvus-1 nukleotiid ei kuulu mitte kunagi kahte kõrvuti olevasse koodonisse korraga 4. universaalne-kehtib kõikidel elusorganismidel Initsiaatorkoodon määrab lugemisraami.Info lugemise lõpetab stoppkoodon.
Ambisense segmendiks nimetatakse sellist RNA-d mille osa sisaldab lugemisraami (positiivne osa) samal ajal kui teisele osale (negatiivsele osale) vastav lugemisraam asub komplementaarses orientatsioonis.
I Initsiatsiooni astmed: ribosoomi subühikute assotsiatsioon, translatsiooni alguspunkti leidmine mRNA-l Kozaki, lugemisraami fikseerimine esimese peptiidsideme süntees. moodustub valgusünteesi initsiaatorgrupp: 40S rRNA subühik tunneb ära mRNA 5' cap otsa, sest sinna on seondunud spetsiifilised initsiaatorvalgud. seejärel liigub initsiaator - grupp piki mRNAd kuni valgusünteesi initsiaatorkoodonini AUG - , mis reeglina peab asuma ka spetsiifilises järjestuses (Kozaki konsensus - soodustab translatsiooni initsiatsiooni).
Mutatsioonide teke, liigitus ja mõju Mutatsioonide tekkepõhjused  Spontaansed mutatsioonid – juhuslikud muutused DNAs tänu replikatsioonil toimunud vigadele, millel puudub seletus  Indutseeritud mutatsioonid – tekivad mutageenide toimel füüsikaliste (peamiselt rediatsioon) või keemiliste tegurite mõjul, mis mõjuvad DNAle hävitavalt Liigitus  Punktmutatsioon – mõne lämmastikaluse insertsioon (liitmine), deletsioon (kotamine) või asendamine  Missenssmutatsioon – kui saadakse kodoon, mis kodeerib teist aminohapet  Nonsenssmutatsioon – kui tulemuseks saadakse koodon, mis valgu sünteesi lõpetab  Vaikiv mutatsioon – kui ekslikult replitseerunud koodon kodeerib sama eminohapet mis ennegi  Pöördmutatsioon, mis geeni funktsiooni taastab  lugemisraami nihe e.
Rekombinantse plasmiidi ligeerimine a) Kasutasime pSTBlue-1 vektorit, mis sisaldab kahte replikatsiooniks vajalikku origini (üks kummaski suunas), ampitsilliini ja kanamütsiini resistentsusgeeni ja lacZ operoni, mille lugemisraami sisestame oma inserdi.
Ribosoomi subühikute moodustumine rRNA-st ja valkudest, tuumakesse on koondunud tRNA sünteesi määravad geenid Geneetilise koodi mõiste ja tema degenereerituse põhjused. mRNA lugemisraami mõiste.
· Tsütosiini deaminatsioon: C->U · Depurinatsioon viib deletsioonini · Alküleerivad ühendid rikuvad guaniini ära · Aluspaaride analoogia · T dimeerub UV toimel · metülatsiooni vead: adeniin -> hüpoksantiin · replikatsiooni, rekombinatsiooni vead Võib jagada veel funktsiooni kaotavad mutatsioonid (retesessiivsed nt geeni deletsioon, geenistr. muutus mRNA stabiilsuse muut, lugemisraami nihe, stoppkoodoni teke jne.) või funktsiooni muutvad (dominantsed üleekspressioon, retseptor pidevalt aktiveeritud, uus substraat, ioonkanalite funkts.
Funktsiooni kaod: · Geeni deletsioon · Osaline geeni deletsioon · Geenistruktuuri muutus (translokatsioon, inversioon) · Insertsioon geeni sisse · Transkriptsiooni takistamine · Promootormutatsioonid · mRNA stabiilsuse muut · Doonor splaisingu saidi muutus · Inaktiveeri splaisingu aktseptorsait · Aktiveeri krüptiline splaisingu sait · lugemisraami nihke teke · Stopp koodoni teke · Vajaliku aminohappe asendus · Takistada protsessing · Takistada rakusisene 6ige lokalisatsioon Muutunud funktsioonid (peamiselt vähi puhul): · Üleekspressioon (CMT) · Retseptor on pidevalt aktiveeritud · Uus substraat · Strukturaalselt valed multimeerid · Kimäärsed geenid · Ioonkanalite funktsiooni muut Dominant negatiivsed mutatsioonid (kollageen) 15."
Bakterikoloonia võib sisaldada rekombinantset plasmiid, kuid samas koloonia värvus on ikka sinine, juhul, kui insert on väga väike ja ei muuda lugemisraami või kui järjestuses ei ole Stop-koodonit.
Koodi lugemine algab koodonist AUG(initsiaatorkoodon), määrab ära meteoniini.Initsiaatorkoodon määrab ära lugemisraami.
Initsiatsioonil toimub ribosoomi subühikute assotseerumine, valku kodeeriva ala alguse leidmine mRNA'l, õige lugemisraami fikseerimine ja esimese peptiidsideme süntees.
Initsiaatorkoodon määrab ära nö lugemisraami.Valgusünteesi lõppu tähistavaid koodoneid on kolm: UGA, UAA, UAG.
Seetõttu on võimalik sama mRNA järjestust tõlkida valguks kolmes erinevas "lugemisraamis".
Initsiatsioonil toimub ribosoomi subühikute assotseerumine, valku kodeeriva ala alguse leidmine mRNA’l, õige lugemisraami fikseerimine ja esimese peptiidsideme süntees.
Antikoodoni aasa struktuur on oluline lugemisraami hoidmisel, kuna U33 on antikoodoni teljest järsult ära pööratud – see nukleotiid ei saa osaleda mRNA-ga paardumisel pideva heeliksina.
lugemisraami nihkumine (translational frame shifting) ja ribosoomide hüppamine translatsiooni elongatsioonil Arvatakse, et valgusünteesi ümberlülitamine ühelt lugemisraamilt teisele (lugemisraami nihkumine) toimub kohtades, kus translatsiooni elongatsioon korraks peatub, andes ribosoomile võimaluse mRNA-l "libiseda".
Segmendi B kodeeriv ala sisaldab ühte lugemisraami, mis kodeerib VP1 valku.
Frameshift mutation)- Mutatsioon, mis muudab mRNA lugemisraami nukleotiidide lisandumise või väljalangemise tõttu.
Õige lugemisraami identifitseerimisel alustatakse lugemist AUG initsiaatorkoodonist.
Valku kodeerivat järjestust nii mRNA’l kui DNA’l nimetatakse ka avatud lugemisraamiks, lühend ORF (open reading frame).
Töö käik:  Leiame restriktaasid BamHI SalI KASUTAN C1 lugemisraami!
CCR5 geeni 32. nukleotiidipaari deletsioon põhjustab lugemisraami nihke, muutub retseptorvalgu 185. aminohape.
337 OFR-i (pikkusega üle 150 bp), lugemisraamid paiknevad mõlemas ahelas; funktsionaalset klasterdumist ei ole.

Liited

lugemisraami-d
lugemisraami-de
lugemisraami-des
lugemisraami-ga
lugemisraami-ks
lugemisraami-lt
lugemisraami-na
lugemisraami-s