Lugemisraam

Kasutatud lausetes (Bioloogia)

( Nt üks geenilõik võib olla kahekordistunud, kusjuures üks lõik sellest täidab esialgset ülesannet aga teine juurde tekkinud lõik omab mingi uue ülesande) Insertsioon genoomi lisandub üksik nukleotiid või DNA-lõik Deletsioon DNA lõik või üksik nukleotiid on genoomist kaduma läinud Inversioon kromosoomilõigu suund on muutunud Translokatsioon terved kromosoomilõigud võivad liikuda ühest kromosoomist teise Kromosoomide arvu muutus Downi sündroom 21 kromosoomist on kolm koopiat (inimene, simpans) Üksikute nukleotiidide muutused - üksikute nukeotiidide insertsioonid, deletsioonid või asendusmutatsioonid Asendusmutatsioon DNA-s asendub üks nukleotiidipaar teisega - NT: A-T asemele tuleb G-C - Mõju neutraalne, kasulik või kahjulik Raamnihe mutatsioonikohas muutub valgu lugemisraam ja DNA hakkab kodeerima valesid aminohappeid.
Geenide kattumine esineb väga ulatuslikult prokarüootides, esineb nii mRNA tasemel geeni kattumist (siin on oluline lugemisraam, mida käsitleme lähemalt geneetilise koodi juures) kui DNA tasemel kattumist, mis viib erinevate mRNA molekulide sünteesile.
Geneetiline kood ja selle omadused. 1) põhineb nukleotiidide tripletitel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe aminohappe polüpeptiidis; 2) geneetiline kood ei ole kattuv; 3) komavaba, kõik mRNAs asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis; 4) geneetiline kood on degenereerunud ehk kõdunud: peaaegu kõigile aminohapetele vastab enam kui üks koodon; 5) geneetiline kood on seaduspärane; 6) geneetilisse koodi kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile; 7) geneetiline kood on (va mõned erinevused mitokondrites) universiaalne kõigile elusorganismidele.
Geneetiline kood ja selle omadused. gen.kood põhineb nukleotiidide tripletitel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe aminohappe polüpeptiidis. gen. kood ei ole kattuv g.k. on komavaba, kõik mRNA-s asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis g.k. on degenereerunud e. kõdunud: peaaegu kõigile aminohapetele vastab enam kui üks koodon g.k. on seaduspärane g.koodi kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile g.k. on (v.a. mõned erinevused mitokondrites) universaalne kõigile elusorg- le 69.
Avatud lugemisraam e valkukodeeriv järjestus - nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator-koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga.
Loetelu mõnedest modifitseerimise funktsioonidest: Antikoodoni struktuuri ja koodon-antikoodon interaktsiooni stabiliseerimine ning lugemisraami nihke vältimine, tRNA üldise struktuuri stabiliseerimine, D-lingu painduvuse suurendamine: dihüdrouridiin, tRNA ebaõige voltumise vältimine, Kaitse endonukleaaside eest, Fotoprotektsioon, Identsuselemendid aaRS-dele, Antideterminandid aaRS-dele või teistele valkudele, Aluspaardumise spetsiifika laiendamine wobble-positsioonis N34, Termostabiilsuse tõstmine.
I Initsiatsiooni astmed: ribosoomi subühikute assotsiatsioon, translatsiooni alguspunkti leidmine mRNA-l Kozaki, lugemisraami fikseerimine esimese peptiidsideme süntees. moodustub valgusünteesi initsiaatorgrupp: 40S rRNA subühik tunneb ära mRNA 5' cap otsa, sest sinna on seondunud spetsiifilised initsiaatorvalgud. seejärel liigub initsiaator - grupp piki mRNAd kuni valgusünteesi initsiaatorkoodonini AUG - , mis reeglina peab asuma ka spetsiifilises järjestuses (Kozaki konsensus - soodustab translatsiooni initsiatsiooni).
· Põhineb nukleotiidide triplettidel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe AH polüpeptiidis · Geneetiline kood ei ole kattuv · Komavaba, kõik mRNAs asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis.
1) Geneetiline kood põhineb nukleotiidide tripletitel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe aminohappe polüpeptiidis (2) Geneetiline kood ei ole kattuv (3) Geneetiline kood on komavaba, kõik mRNA-s asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis (reading frame).
Erinevused: - rakutuum - geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5'cap ja 3'polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse - transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke - promootorid on keerulisemad mRNA osad: - avatud lugemisraam e ORF open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5'UTR ja 3'UTR - eukarüootidel on 5'cap ja 3'polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel.
Omadused:  Põhineb nukleotiidide triplettidel, kolm nukleotiidi määravad ära ühe aminohappe polüpeptiidis;  Ei ole kattuv;  On komavaba, kõik mRNA-s asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis;  On degenereerunud ehk kõdunud: peaaegu kõigile aminohapetele vastab enam kui üks koodon;  On seaduspärane;  Selle kuuluvad spetsiifilised koodonid, mis on signaaliks translatsiooni initsiatsioonile ja terminatsioonile;  On universaalne kõigile elusorganismidele.
Olemuseks Tripletesus iga kood koosneb 3-st nukleotiidist, Universaalsus toimub eluslooduses ühtemoodi, Ühetähenduslik 1 koodonile vastab 1 aminohape, Lugemisraam mRna lugemine algab initsiaatorkoodonist (-A-U-G-) ja lõppeb stoppkoodoniga, Sünonüümsus 1 aminohappele võib vastata mitu koodnit, Mittekattuvus 1 nukleotiid on ühe koodoni koosseisus Kuidas määratakse translatsiooni algus ja lõpp?
Mutatsioonide teke, liigitus ja mõju Mutatsioonide tekkepõhjused  Spontaansed mutatsioonid – juhuslikud muutused DNAs tänu replikatsioonil toimunud vigadele, millel puudub seletus  Indutseeritud mutatsioonid – tekivad mutageenide toimel füüsikaliste (peamiselt rediatsioon) või keemiliste tegurite mõjul, mis mõjuvad DNAle hävitavalt Liigitus  Punktmutatsioon – mõne lämmastikaluse insertsioon (liitmine), deletsioon (kotamine) või asendamine  Missenssmutatsioon – kui saadakse kodoon, mis kodeerib teist aminohapet  Nonsenssmutatsioon – kui tulemuseks saadakse koodon, mis valgu sünteesi lõpetab  Vaikiv mutatsioon – kui ekslikult replitseerunud koodon kodeerib sama eminohapet mis ennegi  Pöördmutatsioon, mis geeni funktsiooni taastab  lugemisraami nihe e.
Raaminihkemutatsioonide tõttu nihkub valku kodeerivas geenis nukleotiidse järjestuse lugemisraam.
Rekombinantse plasmiidi ligeerimine a) Kasutasime pSTBlue-1 vektorit, mis sisaldab kahte replikatsiooniks vajalikku origini (üks kummaski suunas), ampitsilliini ja kanamütsiini resistentsusgeeni ja lacZ operoni, mille lugemisraami sisestame oma inserdi.
Initsiatsioonil toimub ribosoomi subühikute assotseerumine, valku kodeeriva ala alguse leidmine mRNA'l, õige lugemisraami fikseerimine ja esimese peptiidsideme süntees.
 Mittekattuv. mRNA nukleotiid on koodonis vaid ühe korra (v.a. kattuvate geenide korral, kus kasutatakse erinevaid lugemisraame ja sünteesivad erinevaid valke).
Erinevused: - rakutuum - geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5’cap ja 3’polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse - transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke - promootorid on keerulisemad mRNA osad: - avatud lugemisraam e ORF  open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5’UTR ja 3’UTR - eukarüootidel on 5’cap ja 3’polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel.
Polioviiruse kodeeritud valgud Picornaviiruste genoomi kodeeriv ala on organiseerutud väga lihtsalt: genoomis on ainult pks lugemisraam, mis kodeerib polüproteiini pikkusega 2,178-2,322 AH jääki.
Initsiatsioonil toimub ribosoomi subühikute assotseerumine, valku kodeeriva ala alguse leidmine mRNA’l, õige lugemisraami fikseerimine ja esimese peptiidsideme süntees.
Antikoodoni aasa struktuur on oluline lugemisraami hoidmisel, kuna U33 on antikoodoni teljest järsult ära pööratud – see nukleotiid ei saa osaleda mRNA-ga paardumisel pideva heeliksina.
 Komavaba. mRNA molekuli kodeerivas osas loetakse nukelotiide järjestikuliste koodonitena, ilma vahelejäävate nukleotiidideta, nn. lugemisraamis (i.k. reading frame).
Gen. kood on komavaba kõik mRNAs asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis.
Avatud lugemisraam, stop-koodon puudub või kui initsiatsioon algab meie inserdist.
Eelis: tekitab lisa mitmekesisuse CDR3 hüpervariaablis regioonis Puudus: võivad tekkida paardumata nukleotiidid, lugemisraam võib minna katki.
Intronite täpne väljalõikamine peab toimuma nukleotiidi täpsusega, vastasel juhul läheb lugemisraam paigast ära.
3) Geneetiline kood on komavaba: pole väljajäetavaid nukleotiide, kõik mRNA-s asuvad koodonid loetakse translatsioonil järjest, ühes lugemisraamis (reading frame); lugemisraame saab põhimõtteliselt olla 3 erinevat, edasi hakkab minema nagu 1. lugemisraam, kuna kood koosneb tripletitest (joonis 21).
Valku kodeerivat järjestust nii mRNAl kui DNAl nim. avatud lugemisraamiks (ORF).
Õige lugemisraami identifitseerimisel alustatakse lugemist AUG initsiaatorkoodonist.
Valku kodeerivat järjestust nii mRNA’l kui DNA’l nimetatakse ka avatud lugemisraamiks, lühend ORF (open reading frame).

Liited

lugemisraam-at
lugemisraam-atu
lugemisraam-atud
lugemisraam-atuks
lugemisraam-atus
lugemisraam-atust
lugemisraam-atut
lugemisraam-atute
lugemisraam-e
lugemisraam-i
lugemisraam-id
lugemisraam-ide
lugemisraam-ides
lugemisraam-iga
lugemisraam-iks
lugemisraam-ilt
lugemisraam-ina
lugemisraam-is