T
Arial
Verdana
Tahoma
Trebuchet
Times New Roman
Georgia
Garamond
Courier New
Brush Script MT
Ligaasid
Kasutatud lausetes (
Keemia)
Ligaasid katalüüsivad kahe substraadi ühendamisreaktsiooni (ATP lagunemisega konjugeeritud kondensatsioonireaktsioonid) sünteesireaktsioonid Kasutusalad Ensüümid on tähtsal kohal biotehnoloogia arengus.
Ensüümide nimetuste kujunemine. klass klassi nimetus katalüüsitava reaktsiooni tüüp 1 Oksüdoreduktaasid Redoksreaktsioonid e elektronide (hüdriidioonide või H aatomite) ülekanne 2 Transferaasid Funktsionaalsete rühmade ülekanne ühelt molekulilt teisele 3 Hüdrolaasid Keemiliste sidemete katkestamine hüdrolüüsi teel 4 Lüaasid Kaksiksideme teke rühmade kõrvaldamise teel või liitumisreaktsioonid kaksiksidemele 5 Isomeraasid Rühmade ülekanne molekuli piires, isomeersete vormide teke 6
ligaasid
uute
kovalentsete sidemete (C-C, C-S, C-O, C-N) moodustamine kondensatsiooni teel ATP energia arvel LIISI KINK 22 BIOKEEMIA test I Kasutusel nii süstemaatilised kui triviaalnimetused.
Ensüümide klassid - oksüdoreduktaasid, transferaasid, hüdrolaasid, lüaasid, isomeraasid,
ligaasid
: Rahvusvaheliselt tunnustatud ensüümide klassifikatsioon jaotab ensüümid nende poolt katalüüsitavate reaktsioonide iseloomu alusel kuude põhiklassi: 1) Oksüdoreduktaasid – ensüümid, mis katalüüsivad mitmesuguste funktsionaalsete rühmade ülekannet ühelt molekulilt teisele.
Translatsiooniprotsess, presibosomaalne ja ribosomaalne etapp Translatsioon on kaheastmeline dekodeerimisprotsess · Preribosomaalne etapp: aminoatsüül tRNA süntees (
ligaasid
, ARS või ARL) · Ribosomaalne etapp: koodon-antikoodon translatsioon ja peptiidsideme süntees ribosoomil 2. posttranskriptsioonsed DNA modifikatsioonid 3 peamist sündmust: 1) 5' capping 2) 3' lõikamine ja polüadenüülimine 3) RNA splaisimine. pre- mRNA protsessitakse juba tuumas transkriptsiooni ajal ning vaid funktsionaalne mRNA transporditakse tsütoplasmasse. 5' cap lisamine sünteesitud RNAdele toimub vahetult pärast transkriptsiooni initsiatsiooni.
Geenitehnoloogia lähtekohad *Rekombinantse DNA metoodika loomine -See on DNA molekul, milles on ühendatud eri liikidest pärit DNA-lõigud -See on võimalik tänu ensüümidele (restriktraasid) mis lõikavad DNA-molekuli kaksikahelat kindlate järjestuste kohalt. -Teised ensüümid (
ligaasid
) ühendavad ahelate otsad Enamik restriktaase lõikab DNA eri ahelaid vastava järjestuse (4-8 nukleotiidipaari) eri otstest.
ligaasid
sünteesreaktsioonid
ATP jt otsesel osalusel Püruvaadi · süntetaasid karboksüülimine sünteesi käigus kaboksülaas · karboksülaasid Omadused omavad nii valkude kui ka katalüsaatiride omadusi Ensüümide om-d: · ensüümvalgud on kõrgmolekulaarsed, hüdrofiilsed amfoteersed polüelektrolüüdid, denatureeruvad ja kristalliseeruvad · kõrgspetsiifilised tuleneb valgulisest loomusest ja see läbi ensüümi aktiivtsentri ja substraadi komplementaarsusest.
Kõik aa-tRNA molekulid peavad seonduma elongatsioonifaktor T-ga, mis transpordib ribosoomidesse. - Igal tRNA liigil peavad olema mingid struktuursed determinandid, mille järgi neid ära tuntakse ja nii määravad AH spetsiifika. - Põhilised ensüümid, mis peavad tRNA molekuli tuvastama on aminoatsüül- tRNA süntetaasid e.
ligaasid
– ARL või ARS või lihtsalt RS (neid on 20) - 1 aa-tRNA süntetaas tunneb ära ühe AH, aga mitu erinevat tRNA-d - ARS e. süntetaasid seavad vastavusse tRNA molekuli ja vastava aminohappe.
Klassi nr Klassi nimetus Katalüüsitava reaktsiooni tüüp 1 Oksüdoreduktaasid Eelektronide ülekanne hüdriidiooni või vesiniku aatomi vormis 2 Transferaasid Funk. rühmade ülekanne ühelt molekulilt teisele 3 Hüdrolaasid Keemiliste sidemete katkestamine hüdrolüüsi teel 4 Lüaasid Kaksiksidemete teke rühmade kõrvaldamisel või nende liitmine kaksiksideme juurde 5 Isomeraasid Rühmade ülekanne molekuli piires, isomeersete vormide teke 6
ligaasid
uute
kovalentsete sidemete (C-C, C-S, C-O, C-N) moodustamine kondensatsiooni teel 3.
Jaguneb kuude klassi: 1) Oksüdoreduktaasid redoksreaktsioonid (elektronide ülekanne); 2) Transferaasid funktsionaalsete rühmade ülekanne ühelt molekulilt teisele; 3) Hüdrolaasid molekulide lagundamine, keemiliste sidemete katkestamine hüdrolüüsi teel; 4) Lüaasid funktsionaalsete rühmade liitumisreaktsioonid kaksiksidemele või kaksiksideme teke rühmade kõrvaldamise teel; 5) Isomeraasid rühmade ülekanne ühe molekuli piires, isomeersete vormide teke; 6) Ligaasid uute kovalentsete sidemete moodustamine kondensatsiooni teel ATP energia arvel, ühendatakse molekule.
Transferaasid Oksüdareduktaasid oksüdeerumis, redutseerumis reaktsioonid Hüdrolaasid hüdrolüüsi reaktsioonid Lüaasid elimineerimis reaktsioonid (mille käigus tekivad kaksiksidemed või tsüklid) Isomeraasid molekuli sisesed ümberkorraldused Ligaasid katalüüsivad sidemete moodustumist, kasutavad ATP-d 66.
Kõik tuntud ensüümid kuuluvad ühte kuuest ensüümide klassist: oksüdoreduktaasid - elektronide ülekanne hüdriidiooni (H3+O) või vesiniku aatomi vormis; transferaasid - funktsionaalsete rühmade ülekanne ühelt molekulilt teisele; hüdrolaasid keemiliste sidemete katkestamine hüdrolüüsi teel; lüaasid kaksiksidemete teke rühmade kõrvaldamisel või nende liitumine kaksiksideme külge; isomeraasid rühmade ülekanne molekuli piires, isomeersete vormide teke;
ligaasid
= süntetaasid uute kovalentsete sidemete (C-C, C-S, C-O, C-N) moodustamine kondensatsiooni teel.
Transferaasid grupiülekanded Oksüdareduktaasid oksüdeerumis, redutseerumis reaktsioonid Hüdrolaasid hüdrolüüsi reaktsioonid Lüaasid elimineerimis reaktsioonid (mille käigus tekivad kaksiksidemed või tsüklid) Isomeraasid molekuli sisesed ümberkorraldused Ligaasid katalüüsivad sidemete moodustumist, kasutavad ATP-d 67.
Klassifikatsioon (lähtuvalt inimkehas toimuvatele ensüümreaktsioonidele) Katalüüsitavate reaktsioonide alusel jaotuvad 6 klassi : 1. oksüdoreduktaasid redoksreaktsioonid 2. transferaasid funktsionaalsete gruppide ülekanne 3. hüdrolaasid hüdrolüüsireaktsioonid 4. lüaasid sideme C-C, C-O, C-N, C-S lõhustumine 5. isomeraasid isomerisatsioonireaktsioonid (molekulisisesed ümberkorraldused) 6.
ligaasid
sünteesireaktsioonid
Omadused Valguliste biokatalüsaatoritena on ensüümidel nii valkude kui ka katalüsaatorite üldomadused.
Transferaasid grupiülekanded Oksüdareduktaasid oksüdeerumis-, redutseerumisreaktsioonid Hüdrolaasid hüdrolüüsi reaktsioonid Lüaasid elimineerimisreaktsioonid (tekivad kaksiksidemed või tsüklid) Isomeraasid molekuli sisesed ümberkorraldused Ligaasid katalüüsivad sidemete moodustumist, kasutavad ATP-d 67.
Translatsiooniprotsess on kaheastmeline dekodeerimisprotsess, milline on presibosomaalne aminoatsüül-tRNA süntees (
ligaasid
, ARS või ARL) ja ribosomaalne etapp koodon-antikoodon translatsioon ja peptiidsideme süntees ribosoomil.
Aminohappe sidumine vastava spetsiifilise tRNA molekuliga toimub ensüümide - aminoatsüül-tRNA süntetaaside ehk aminoatsüül-tRNA
ligaasid
e (ARS e.
Ensüümid jagunevad kuude klassi: Oksüdoreduktaasid redoksreaktsioonid Transferaasid fn gruppide ülekanne Hüdrolaasid hüdrolüüsireaktsioonid Lüaasid sidemete C-C, C-O, C-N ja C-S lõhkumine Isomeraasid isomerisatsioonireaktsioonid Ligaasid sünteesireaktsioonid.
16 Ubikvitiini
ligaasid
E1- ubikvitiini aktiveerivad valgud, E2- ubikvitiin konjugeerivad valgud, E3- aksessuaarne valk, moodustab E2-E3 kompleksi-ubikvitiini
ligaasid
E2-E3- kompleks seondub E3 abil märklaudvalgu Lys ja moodustab E2 abil polüubikvitiinahela- ligandiks proteasoomile Valkude aktiivsus sõltub tema N terminuse struktuurist (amidatsioon; Met Ile Val Gly Pro Thr; tsükliinidel konsensus: X-X-Leu-GlyX-Ile-Gly-Asn; PEST rikkad alad) 3 tüüpi E3 valke, mis tunnevad erinevaid N terminusi: 1)Aluselised AHd Cys, His 2)Hüdrof.
6) Ligaasid on sünteesireaktsioone katalüüsivad ensüümid.
Ligaasid–liidavad substraate ATP kasutamise abil Töö põhimõte: Substraat + koensüüm + ensüüm ->produkt.
DNA sekundaarstruktuuri muutvad ensüümid on DNA
ligaasid
, helikaasid, güraasid.
Ensüümid jagatakse kuude klassi: oksüreduktaasid, transferaasid, hüdrolaasid, lüaasid, isomeraasid,
ligaasid
.
Klassifikatsioon (toime järgi): oksiidoreduktaasid , transferaasid, hüdrolaasid (kõige rohkem puutume kokku), lüaasid, isomeraasid,
ligaasid
(süntetaasid).
Ligaasid uute kovalentsete sidemete (C-C, C-S, C-O, C-N) moodustamine kondensatsiooni teel ATP energia arvel, ühendatakse molekule.
Ensüümi Klassifitsioon - Oksüdoreduktaasid, transferaasid, hüdrolaasid, lüaasid, isomeraasid,
ligaasid
.
Ensüümidest osalevad endo- ja eksonukleaasid, polümeraasid ja
ligaasid
.
Ensüümide klassid - oksüdoreduktaasid, transferaasid, hüdrolaasid, lüaasid, isomeraasid,
ligaasid
.
(sarnane küsimus kõigi kuue ensüümide põhiklassi kohta). transferaas, (ülejäänud grupid oksüreduktaasid, hüdrolaasid, lüaasid, isomeraasid,
ligaasid
.
ligaasid
teevad
ühinemist atp energiat kasutades) 71.
Replikatsioon DNA täpse duplikaadi tegemine vajab 30 erineva ensüümi kaasabi Algab replikatsioon spets. genoomi lõikudelt nimetusega origin Helikaas keerab DNA topeltheeliksi lahti DNA polümeraas III lisab 5’ -> 3’ suunas nukleotiide: Juhtiv ahel – sünteesitakse järjest 5’ -> 3’ suunas Mahajääv ahel – sünteesitakse 5’ -> 3’ suunas lühikeste lõikudena; üldine suund on aga 3’ -> 5’ DNA polümeraas I eemaldab RNA praimerid ja asendab need DNAga Replikatsioonikahvi kokkusaamisel
ligaasid
liidavad
mahajäävas ahelas olevad DNA fragmendid, et viia süntees lõpuni Tütarmolekulide lahknemine saab valmis 3.
ligaasid
ehk
süntetaasid ja nende süstemaatilised nimetused: Katalüüsivad ühinemisreaktsioone (ligation ing.k kokkuliitmine).
Liited
Sõnapaarid
Sõnapaarid
kana+ligaasid
vääv+ligaasid
Kirjapilt
.