Ligaas

Kasutatud lausetes (Bioloogia)

Ligaas ensüüm, mille toimel ühinevad ahelate otsad ka kohalentsete sidemetega ja lõpetab rekombinantse molekuli moodustumise Transgeenne organism organism, kelle genoomi on siiratud mõne teise liigi geene, mis neid organismides avalduvad ja ka järglastele päranduvad.
DNA polümeraasi kopeerimisvigade hulka vähendab ensüümi 3'-5' eksonukleaasne aktiivsus, mis eemaldab mittepaardunud nukleotiidi. sünteesib suunas 5'-3' vajab vaba 3'OH otsa omab ühtlasi 3'-5' eksonukleaasset aktiivsust - 3'OH tuleb RNA praimerist, mille sünteesib DNA primaas - Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas - Lisaks osalevad ensüümid, mis ületavad DNA replikatsiooni käigus tekkivaid ruumilisi takistusi DNA helikaas sulatab kaksikahela lahti Üksikahelalist DNAd stabiliseerivad valgud Topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi auke (nick) ja katkeid (break) - Päristuumsetel rakkudel toimub see enne mitoosi ja meioosi.
Ligaas -ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad Kimäär - biol. erineva genotüübiga ja eri organismidest pärit rakkudest koosnev organism.
Kui on meil restriktaasi poolt läbi lõigatud DNA lõik katseklaasis ja lisada sinna teine DNA ja lisada ensüüm ligaas, mis uuesti moodustab fofodiestersidemed.
Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. tRNA teine oluline piirkond, 3' ots, paikneb aktseptor-õla otsas. tRNA kolm viimast nukleotiidi on CCA järjestus, mis ribosoomis seondub valguahela peptiidsideme moodustumist katalüüsiva piirkonnaga. tRNA 3' otsa seotakse ka ensüüm aminoatsüül- tRNA ligaasi vahendusel estersidemega vastav aminohape.
Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena (RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas).
Okazaki fragmendid: RNA praimer (sünteesitakse RNA polümeraasiga) ja DNA polümeraas III (viib läbi DNA maatritssünteesi) DNA fragmentide ühendamine: DNA polümeraas I (RNA lõigatakse välja ja tühik sünteesitakse täis) ja DNA ligaas (ühendab fragmendid ligeerimisel) 13.
Keemiliste kahjustuste parandamine aluste väljalõikamise teel Vigade parandamisel osalevad ensüümid: * Endonukleaas * Eksonukleaas * DNA polümeraas III * ligaas dna rekombinatsioon on geneetilise informatsiooni ümbergrupeerumine kas ühe DNA molekuli piires või kahe DNA molekuli vahel.
Replikatsiooni viib läbi viiruse kodeeritud ensüümkompleks (vähemalt kümne viiruse geeni produktid, sh polümeraas, ligaas, topoisomeraas, RFC), millesse ilmselt kuulub ka peremeesraku komponente.
Fosfodiestersidemete moodustamiseks kloneerimisvektori DNA ja uuritava DNA lõigu otse vahele kasutatakse ensüümi DNA ligaas) 2.
Omab 3'-eksonukleaasi aktiivsust, teeb vähem vigu · DNA-primaas sünteesib oligonukleotiidse praimeri · DNA-ligaas ühendab mahajääva ahela fragmente Okazaki fragmendid on lühikesed DNA jupid, millest pannakse kokku ahel, mis on komplementaarne DNA replikatsioonil mahajäävale ahelale.
32. ligaas - ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad 33. mahepõllundus - looduslähedastele majandamisviisidele pöördunud põlluviljelus, mille eesmärgiks on toota võimalikult tervislikke taime- ja loomasaadusi.
Pärast seda liitub DNAga ligaas, mis liidab augud ahelas ning lõpetab sellega replitseeritud DNA molekuli sünteesi (vt mahajääv ahel).
Viivisahela sünteesimine  DNA praimaas sünteesib DNA järjestuse pealt lühikese RNA praimeri  DNA polümeraas jätkab DNA sünteesi - moodustub Okazaki fragment  eesolev RNA praimer asendatakse DNA-ga  Okazaki fragmentide katkekohad liidetakse DNA ligaasi abil Okazaki fragmentide sünteesiks on vajalik ensüüm- DNA praimaas, mis sünteesib nn. praimeri - lühikese RNA oligonukleotiidi.
Ligaas on ensüüm, mis võimaldab ühendada eri päritolu DNA lõigud.
Kõigepealt asetab RNA primaas RNA praimeri ning DNA pol III jätkab järjestuse kodeerimist nii mitu korda seejärel DNA Pol I asendab praimerid ja DNA ligaas ühendab fragmendid.
Seejärel liidetakse huvipakkuva DNA lõigu ja vektori DNA ahelate otsad ensüümiga DNA ligaas.
DNA polümeraasi kopeerimisvigade hulka vähendab ensüümi 3’-5’ eksonukleaasne aktiivsus, mis eemaldab mittepaardunud nukleotiidi.  sünteesib suunas 5’-3’  vajab vaba 3’OH otsa  omab ühtlasi 3’-5’ eksonukleaasset aktiivsust - 3’OH tuleb RNA praimerist, mille sünteesib DNA primaas - Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas - Lisaks osalevad ensüümid, mis ületavad DNA replikatsiooni käigus tekkivaid ruumilisi takistusi  DNA helikaas sulatab kaksikahela lahti  Üksikahelalist DNAd stabiliseerivad valgud  Topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi auke (nick) ja katkeid (break) - Päristuumsetel rakkudel toimub see enne mitoosi ja meioosi.
T ja A on omavahel komplementaarsed, seega vektori ja inserdi ,,kleepuvad otsad" ühendatakse komplementaarsusprintsiibi alusel kõigepealt vesiniksidemetega, seejärel saab ligaas sünteesida fosfodiestersidemed.
Ligaas - ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad.
Ligaas ensüüm, mis ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad.
Ligaas ensüüm, mid ühendab kovalentse sidemega DNA-fragmentide ahelate otsad.
Ligaas on ensüüm, mis ühendab eri päritolu lõigud.
Kevadel 2005 alustasid mitmed organisatsioonid taolise initsiatiiviga ka Eestis.5 Euroopa GMO-vabad regioonid: Iirima, Inglismaa, Luksemburg, Island, Belgia, Holland, Taani, Rootsi, Soome, Eesti, Läti, Leedu, Venemaa, Poola, Tsehhi, Slovakkia, Ungari, Gruusia, Rumeenia, Türgi, Bulgaaria, Küpros, Kreeka, Serbia-Montenegro, Horvaatia, Sloveenia, Malta, Itaalia, Austria, Sveits, Hispaania, Portugal, Prantsusmaa, Saksamaa.6 5 http://www.eko.org.ee/gmo/index.php 6 http://www.gmo-free-regions.org/ 8 GMO'de tootmine GMO'de saamiseks lõikab restriktaas (,,ensüümkäärid") DNA-d spetsiifilistest kohtadest, plasmiidist (rõngakujuline kaheahelaline DNA molekul) eraldatakse mittevajalikud geenid ja DNA ligaas (ensüüm, mis liidab DNA ahelate otsad) ühendab fragmendid.
Kui fragmendi sünteesimine on lõppenud, eemaldatakse RNA praimerid ja ensüüm DNA ligaas seob üksikud Okazaki fragmendid ühtseks DNA ahelaks. !
Ensüüm nimega DNA-polümeraas liitub ühe lahku läinud DNA ahelaga  Sünteesib suunal 5’-3’ (DNA polümeraas)  Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena (on vaja 3’OH otsa, mis tuleb RNA praimerist – seda sünteesib DNA primaas)  Tühimikud täidab DNA polümeraas ja erifragmendid ühendab DNA ligaas 3.
Ensüüm ligaas toimel ühinevad ahelate otsad ka kovaletsete sidemetega ja rekombinantsed moelkulid ongi moodustunud.
Lahuses kokku viidud paarduvate otstega fragmendid ühinevad ja ensüümi ligaas abil luuakse ka kovalentsed sidemed.
Muud mutatsioonide tuvastamise meetodid · Heteroduplex analüüs (heteroduplex analysis) · Keemiline ja RNAse A vahendatud mittepaardumise äratundmine (mismatch cleavage) · ligaas ahelreaktsioon (LCR) · Valgu lühenemise test (PTT) · Otsene sekveneerimine 16.
Restriktaasi 10 x puhver (lisatakse 1/10 reaktsiooni mahust T4 DNA ligaas 5 u/l (Fermentas, vt. lisa), hoitakse jääl 5 x Ligeerimispuhver (Fermentas) Töö käik: (märgista kõik oma katsetuubid nii, et tunned need pärast ära; näiteks initsiaalidega) (1) Kahe üliõpilase peale restrikteerida ~120 ng genoomset DNA-d Cfr42I-ga: Restriktsioon-ferment, mis lagundab DNA molekuli kindlates kohtades. 12,5 l genoomset DNA-d + 1,5 l restriktaasi 10 x puhvrit kokku 15 l; segada( segame Vortexiga), fuugida ja inkubeerida 37oC 60 min + 1 l restriktaasi Cfr42I (jääl) (restriktaasi 10x puhver tähendab seda, et lahuse kontsentratsioon on 10 korda suurem ,kui vaja on.)
RNA praimerid asendatakse hiljem DNA pol I poolt (lagundab selle 5'->3' eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib asemel DNA ahela 5'->3' polümeraasse aktiivsusega) ning DNA ahela jupid ühendatakse DNA ligaasi abil.
Saadud DNA lõik liidetakse plasmiidiga ligaasi abil ning rekombinantne plasmiidne geenivektor on loodud.

Liited

ligaas-i

Sõnapaarid

välgumihk+ligaas
ubikvitiin+ligaas
vääv+ligaas